ينقسم هيكل حوكمة الجواز اللوجستي العالمي إلى ثلاثة مستويات رئيسية من الهيئات المعنية بالتنسيق:

القمة الدولية لتي تنعقد مرة واحدة في السنة:
تجتمع القمة الدولية لبرنامج الجواز اللوجستي العالمي التي يرأسها صاحب السمو الشيخ أحمد بن سعيد آل مكتوم ويشارك في رئاستها رؤساء مجالس إدارة المراكز لمناقشة الاتجاهات الجديدة وفرص وضع السياسات للبرنامج على الصعيد العالمي.

اللجنة التوجيهية العالمية التي تنعقد كل ثلاثة أشهر:
تجتمع لجنة توجيهية عالمية يرأسها صاحب السمو الشيخ أحمد بن سعيد آل مكتوم لمناقشة اتجاه برنامج الجواز اللوجستي العالمي والتطوير ربع السنوي.

مجالس إدارة المراكز:
تجتمع مجالس إدارة مراكز برنامج الجواز اللوجستي العالمي، وهي هيئات صنع القرار المحلية في كل مركز، بانتظام لمراقبة التقدم واعتماد المزايا الجديدة المحتملة والموافقة على الإجراءات الفورية.

تنقسم حوكمة برنامج الجواز اللوجستي العالمي إلى ثلاث ركائز على مستوى المراكز المحلية. ويتمثل شركاء البرنامج الرئيسيون في كياناتٍ، عادةً ما تتمثل في الجمارك وهيئات المطارات/الموانئ وشركات الطيران، تُسجل بصفتها مقدمي المزايا في المركز. ويجتمعون على نحوٍ مشترك مع ممثلي برنامج الجواز اللوجستي العالمي في مجلس إدارة مراكز البرنامج. وتوضح اتفاقيات تسجيل شركاء برنامج الجواز اللوجستي العالمي واتفاقيات تسجيل الأعضاء شروط الشراكة والعضوية في البرنامج.