La estructura de gobernanza de World Logistics Passport se divide en tres niveles principales de organismos para la coordinación:

Cumbre Mundial
Una vez al año, la Cumbre Mundial de WLP presidida por su alteza, el jeque Ahmed bin Saeed Al Maktoum, y copresidida por el presidente de las Juntas del Centro se reunirán para analizar nuevas direcciones y oportunidades de desarrollo de políticas para el programa a nivel global.

Comité de Dirección Global
Cada tres meses, un Comité Directivo Global presidido por su alteza, el jeque Ahmed bin Saeed Al Maktoum, se reunirá para analizar la dirección del programa global de WLP y el desarrollo trimestral.

Juntas del Centro
Las Juntas del Centro de WLP, que son los organismos locales de toma de decisiones en cada Centro, se reunirán regularmente para monitorear el progreso, aprobar nuevos beneficios potenciales y acordar acciones inmediatas.

A nivel del Centro local, el gobierno de WLP se divide en tres pilares. Los Socios clave de WLP son entidades, generalmente aduanas, autoridades aeroportuarias/portuarias y aerolíneas, que se registran como proveedores de beneficios en el Centro. Se desempeñan en conjunto con los representantes de WLP en la Junta del Centro de WLP. Tanto los Acuerdos de registro de socios de WLP como los Acuerdos de registro de miembros detallan claramente las condiciones de asociación y membresía del programa.